Восточно-прусское искусство в фондах музея представлено в основном графикой и скульптурой. Формирование коллекции началось в 1991 году, когда в галерею поступило крупное собрание произведений Норберта Долециха. В следующие годы в фондах галереи появились работы таких художников как Генрих Вольф, Кете Кольвиц, Хелена Нойманн и многих других.
Самой значительной является коллекция графики Ловиса Коринта. Калининградская художественная галерея обладает крупнейшим в России собранием графических произведений этого мастера — в наших фондах хранится более шестидесяти гравюр и литографий автора, выполненных в карандашной манере.
Коллекция восточно-прусской пластики представлена преимущественно садово-парковой скульптурой. Большая часть произведений относится к анималистическому жанру. Особого внимания заслуживает скульптурная композиция «Две играющие борзые», выполненная берлинским мастером Эрихом Шмидтом-Кестнером в период его работы в Кёнигсберге в 1930 году и затем подаренная городу. Долгие годы она украшала главную аллею зоопарка, а в конце 1980-х годов произведение поступило в коллекцию музея.
Жемчужиной собрания является работа профессора кёнигсбергской академии художеств Станислава Кауэра. В 1905–1906 годах мастер создал из белого мрамора идеализированный женский образ, который назвал «После купания». Первоначально скульптура была установлена перед зданием Академии, однако впоследствии её местоположение не раз менялось. В результате своего почти векового пребывания на открытом воздухе, произведение начало разрушаться. В 2003 году скульптура была передана Калининградской художественной галерее. После реставрации в 2011 году этот шедевр Кауэра экспонируется в главном вестибюле музея.